Laboratoře a technika

Našim cílem je úspěšný výsledek léčby, proto kliniky GENNET disponují tím nejmodernějším technickým vybavením. 

Rottor Gene

Přístroj je určen pro rychlou a přesnou analýzu PCR produktů v reálném čase (RT PCR). Umožňuje analyzovat až 32 vzorků v jednom běhu přístroje. Metodou RT PCR v naší laboratoři vyšetřujeme trombofilní mutace, odpověď na hormonální stimulaci u žen a screeningové vyšetření syndromu fragilního chromozomu X.

Nejčastěji se tato genetická vyšetření provádějí u žen s opakovanými těhotenskými ztrátami nebo s primární sterilitou před léčbou metodami asistované reprodukce.

MagNA Pure Compact System

Přístroj slouží pro rychlou izolaci nukleových kyselin (DNA, RNA) ze vzorků pacientů. DNA izolujeme nejčastěji z periferní krve nebo stěru ústní sliznice, u těhotných žen izolujeme DNA plodu pro další genetická vyšetření z odběru plodové vody nebo tkáně placenty. Touto automatizovanou izolační metodou získáváme DNA velmi vysoké čistoty.

Přístroj MagNA Pure Compact umožňuje izolaci až 8 vzorků najednou, což značně urychluje práci oproti ručnímu postupu izolace DNA laborantkou.

Qiagen QIA Symphony SP DNA
Preparation System

Přístroj QIA Symphony je plně automatický systém, který splňuje náročné požadavky pro izolaci nukleových kyselin až 96 vzorků najednou, což vede k značnému zrychlení a zvýšení kvality prováděných genetických vyšetření.

V naší laboratoři je využíván především pro izolaci DNA z periferní krve a izolaci cfDNA (cell free, volné DNA) z krevní plazmy těhotných žen v rámci neinvazivního prenatálního vyšetření nejčastějších chromozomálních aneuploidií plodu, především Downova syndromu (cfDNA test kliniky GENNET).

 

Ion Torrent Proton (ThermoFisher)

Sekvenátor nové generace (NGS- Next Generation Sequencing) lze využít v několika aplikacích pro cílené a exomové sekvenování DNA, sekvenování RNA, sekvenování genomu virů i bakterií. Na našem pracovišti je využíván pro cfDNA test- neinvazivní prenatální vyšetření nejčastějších chromozomálních aneuploidií plodu, především Downova syndromu, z periferní krve těhotných žen, který byl vyvinut na klinice Gennet. CfDNA (cell free, volná DNA) je tvořena směsí úseků DNA pocházející z buněk placenty (tedy DNA matky i plodu) a jejím dalším zpracováním metodou NGS na tomto přístroji  získáme sekvence, které se přiřadí k odpovídajícím místům na lidských chromozomech. Poté hodnotíme statisticky významné odchylky v zastoupení úseků DNA jednotlivých chromozómů oproti čekávanému zastoupení podle vzorových (referenčních) hodnot. CfDNA test je součástí prenatálního screeningového programu kliniky GENNET a mimo riziko Downova syndromu hodnotí riziko dalších častých aneuploidií plodu-  trizomie chromozomu 18 (Edwardsův syndrom) a chromozomu 13 (Patauův syndrom) a umožňuje určit i pohlaví plodu.

 

 

 

ABI Prism 3130 a 3130xl Genetic Analyzers (Applied Biosystems) 

Přístroj je určen především pro přímé sekvenování úseků DNA, tj. stanovení přesného pořadí jednotlivých nukleotidů DNA pacienta v testovaném vzorku a pro fragmentační analýzu. Vzhledem k tomu, že v laboratoři provádíme velké množství vyšetření, máme celkem dva přístroje - jeden se čtyřmi kapilárami a druhý vysokokapacitní se šestnácti kapilárami. Metodou přímého sekvenování PCR produktů ověřujeme nálezy patogenních mutací z NGS vyšetření (Onkopanel CZECANCA), neboť každá mutace musí být před vydáním výsledku pacientovi vždy ověřena z jeho druhého (konfirmačního) vzorku.  Dále na přístroji sekvenujeme DNA neslyšících pacientů s cílem najít změny (mutace) v genech odpovědných za vznik hluchoty. Metodou fragmentační analýzy pak vyšetřujeme mutace genu pro cystickou fibrózu a mikrodelece chromozomu Y.  Velmi rychlou metodou QF-PCR zjišťujeme nejčastější aneuploidie chromozomů plodu (21, 18, 13, X a Y) z invazivního vyšetření těhotné ženy (odběru  plodové vody, tkáně placenty nebo pupečníkové krve), proto můžeme sdělit pacientkám výsledek již druhý den od zákroku. Také určování otcovství a genetické příbuznosti osob je založeno na tomto principu vyšetření. 

Sciclone NGS Workstation (PerkinElmer)

Jedná se o automatizovanou pracovní stanici určenou pro přípravu vzorků DNA na sekvenování nové generace (NGS - Next Generation Sequencing). Systém je možné využít pro několik NGS aplikací, včetně celogenomového sekvenování, sekvenování RNA, cíleného a amplikonového sekvenování. Na našem pracovišti je v současnosti využíván k přípravě NGS knihovny pro neinvazivní prenatální cfDNA test k detekci nejčastějších aneuploidií plodu a pro onkopanel CZECANCA, který testuje vrozené genetické dispozice k nádorům. Automatizace umožňuje zkrátit dobu přípravy požadované knihovny, eliminuje kontaminace a chyby a zároveň má vysokou kapacitu až pro 96 vzorků v jednom běhu přístroje. 

MiSeq

Přístroj pro sekvenování nové generace (NGS- Next Generation Sequencing) rozšiřuje naše možnosti DNA diagnostiky, neboť umožňuje vyšetření více pacientů na větší množství genů najednou. Přístroj využíváme především pro testování dispozic k nádorovým onemocněním onkopanelem CZECANCA, kde detekujeme vrozené změny (mutace) až 219 genů. Tak jsme schopni dokončit celé genetické vyšetření ve velmi krátkém čase, což je důležité např. před plánovanou operací u pacientek s karcinomem prsu pro rozhodnutí o rozsahu výkonu nebo u pacientek s karcinomem vaječníků pro výběr vhodné terapie. Tento přístroj dále využíváme pro vyšetření embryií- tzv. preimplantační genetický screening (PGS) metodou NGS, která zvyšuje přesnost analýzy a vzhledem k vyšetření většího množství vzorků v jednom běhu najednou, také rychlost vyšetření. 

Agilent Technologies Sure Scan
Microarray Scanner

SureScan Scanner slouží ke skenování čipů u metod celogenomového screeningu chromozomálních abnormalit — array CGH. Metody array CGH používáme především pro analýzu DNA při preimplantačním genetickém screeningu u embryí a pro analýzu DNA v rámci prenatální diagnostiky.

iScan Illumina

iScan je vysoce výkonný skener s technologicky nejmodernějšími lasery, optikou a detekčními systémy. iScan slouží ke skenování čipů u metod celogenomového screeningu chromozomálních abnormalit – SNP array.

Metodou SNP array testujeme DNA v rámci prenatální, postnatální i preimplantační diagnostiky.

Agilent Technologies 2200 TapeStation

Fluoroscenční mikroskop

Průtokový cytometr

Embryoscope

Do tohoto zařízení jsou uložena oplodněná vajíčka a po dobu 3-6 dní je automaticky monitorován jejich vývoj. Na základě časového záznamu vývoje embryí v tomto přístroji naši embryologové vyberou nejkvalitnější embryo k transferu, tj. přenosu do dělohy pacientky.

Embryoscope neslouží ke genetickému testování embrya.

Mikromanipulátor

Díky mikromanipulátoru můžeme provádět oplodnění vajíčka i spermiemi, které by bez využití tohoto zařízení nikdy vajíčko oplodnit nemohly. Oplodněné vajíčko je pak možné po celou dobu kultivace (až 6 dní) nepřetržitě monitorovat v embryoskopu a sledovat jeho vývoj až do doby přenesení zpět do dělohy.

Laboratoře GENNET jsou akreditovany dle normy ČSN EN ISO 15189:2013.

Jsou vybaveny nejnovějšími technologiemi a disponují širokým spektrem vyšetřovacích metod. 

Každoročně se laboratoře kliniky GENNET účastní národních a mezinárodních mezilaboratorních kontrol kvality a pracují podle evropských standardů.