Technics

Our comprehensive approach and consolidated knowledge of key areas of medical genetics and embryology distinguishes us from other centers. Highly qualified experts, latest equipment and individual care are essential for us.

Our goal is that the outcome of each treatment is successful.

 

Rottor Gene

Il dispositivo è progettato per l'analisi rapida e accurata dei prodotti di PCR in tempo reale (RT PCR). Consente di analizzare fino a 32 campioni in una sola volta di esecuzione. Nel nostro laboratorio usiamo il metodo RT PCR per gli esami di mutazioni di trombofilia, per i test della   risposta alla stimolazione ormonale femminile e i test di screening della sindrome x-fragile. Di solito questi test genetici vengono eseguiti sulle donne con aborti ricorrenti o con sterilità primaria prima del trattamento di riproduzione assistita.

Roche Diagnostics MagNA Pure Compact System

L'apparecchio viene utilizzato per un rapido isolamento degli acidi nucleici (DNA, RNA) di campioni provenienti dai pazienti. Isoliamo il DNA prevalentemente dal sangue periferico o dallo striscio della mucosa orale; alle donne in gravidanza isoliamo il DNA fetale dal tessuto placentare o dal liquido amniotico per poter eseguire futuri test genetici. Con questo metodo di isolamento automatizzato otteniamo DNA di purezza molto elevata. L'apparecchio MagNA Pure Compact permette l'isolamento di 8 campioni al massimo contemporaneamente, il che accelera notevolmente il lavoro rispetto al metodo dell’isolamento del DNA manuale eseguito da un tecnico di laboratorio.

Qiagen QIA Symphony SP DNA
Systema di preparazione

L'apparecchio QIA Symphony è un sistema completamente automatico che soddisfa i requisiti più esigenti per l´isolamento degli acidi nucleici fino a 96 campioni per volta, e che porta ad una notevole accelerazione e aumento della qualità dello screening genetico. Nel nostro laboratorio viene utilizzato soprattutto per l´isolamento del DNA dal sangue periferico e l'isolamento cfDNA (cell free, DNA libero) dal plasma del sangue delle donne incinte per poter eseguire esami non invasivi prenatali diagnostici delle aneuploidie cromosomiche fetali, in particolare la sindrome di Down (test cfDNA della clinica GENNET).

 

Ion Torrent Proton (ThermoFisher)

Dispositivo per il sequenziamento di nuova generazione (NGS – Next Generation Sequencing) può essere utilizzato all'exome e al genome sequencing, RNA sequencing, sequencing dei genomi di virus e batteri. Nel nostro istituto fa parte dell'algoritmo di test cfDNA – della diagnosi cromosomica prenatale non invasiva delle aneuploidie cromosomiche fetali, in particolare la sindrome di Down, attraverso il sangue delle donne in gravidanza. Il CfDNA (cell free, DNA libero) è composto da una miscela di sezioni di DNA provenienti dalle cellule della placenta (il DNA materno e fetale) e con l’ulteriore elaborazione usando il metodo NGS del dispositivo Iontorrent otteniamo le sequenze che vengono assegnate alle posizioni corrispondenti sui cromosomi umani. Poi valutiamo le differenze statisticamente significative nella rappresentazione dei singoli segmenti di DNA di cromosomi rispetto alla rappresentazione prevista nei valori standard (di riferimento). Il test cfDNA fa parte del programma di screening prenatale e, oltre al rischio di sindrome di Down, valuta anche il rischio di altre aneuploidie fetali comuni – trisomia del cromosoma 18 (sindrome di Edwards) e del cromosoma 13 (sindrome di Patau) e permette di determinare il sesso del feto.

ABI Prism 3130 e 3130xl Genetic Analyzers (Applied Biosystems)

L’ABI Prism 3130 permette l’analisi genetica di fluorescenza basata su elettroforesi capillare ed è destinato principalmente per il sequenziamento diretto di segmenti di DNA, cioè la determinazione dell'ordine esatto dei nucleotidi nel DNA del paziente nel campione e per i metodi complementari – l´analisi di frammentazione e l'analisi di MLPA (Multiplex ligation-dependent probe amplification). Dato che nel nostro laboratorio viene eseguito un gran numero di test (vedi sotto), abbiamo due attrezzature – una con quattro capillari e l´altra con sedici capillari. Con il sequenziamento diretto dei prodotti PCR verifichiamo i risultati di mutazioni patogene di esame NGS (il panello oncologico CZECANCA), perché ogni mutazione, prima del rilascio dei risultati ai pazienti, deve essere controllata attraverso il secondo campione di conferma. Il sequenziamento diretto del DNA dei pazienti sordi ci permette di trovare le variazioni (mutazioni) nei geni responsabili della formazione della sordità. Usando l'analisi della frammentazione esaminiamo le mutazioni del gene per la fibrosi cistica e le microdelezioni del cromosoma Y, prevalentemente a infertilità maschile (in caso di esito sfavorevole del spermiogramma). Con il metodo molto veloce di QF-PCR, che ci permette di avere l´esito già un giorno dopo, verifichiamo le aneuploidie di cromosomi del feto più comuni (21,18, 13 e di sesso); i campioni vengono prelevati da test invasivi (prelievo di liquido amniotico, di tessuti di placenta o di sangue del cordone ombelicale). Anche il test di paternità e di parentela genetica delle persone si basa su questo principio dell´esame. Con l'analisi della frammentazione del tessuto tumorale del colon e del retto stabiliamo la cosiddetta instabilità microsatellite; l'elevata instabilità nel tumore suggerisce una possibile disponibilità congenita ereditaria per CRC ed è la ragione per ulteriori test genetici del paziente (il panello oncologico CZECANCA). La tecnica MLPA determina le modifiche del numero di copie del gene che causano il disturbo muscolare ereditario grave (atrofia muscolare spinale) e rileviamo grandi delezioni o duplicazioni nei geni responsabili di malattie oncologiche (ad esempio BRCA geni per le malattie ereditarie del seno e delle ovaie).

 

Sciclone NGS Workstation (PerkinElmer)

Si tratta di una postazione di lavoro automatizzata progettata per la preparazione di campioni di DNA per il sequenziamento di prossima generazione (NGS – Next Generation Sequencing). Il sistema può essere utilizzato per svariate applicazioni NGS, compreso genome sequencing, sequenziamento mirato e amplicon sequenziamento. Nella nostra clinica viene attualmente utilizzato per la preparazione della libreria NGS, per il test cfDNA prenatale non invasivo, per poter rilevare le aneuploidie fetali più comuni e per il panello oncologico CZECANCA che verifica le predisposizioni genetiche ereditarie al cancro. L'automazione consente di accorciare i tempi di preparazione della libreria richiesta, elimina la contaminazione e gli errori, ed ha anche una elevata capacità – fino a 96 campioni per volta. Di conseguenza possiamo esaminare più pazienti in meno tempo, e quindi siamo in grado di effettuare test genetici di emergenza di pazienti affetti da cancro ed avere il risultato dei test genetici prima di un intervento chirurgico. In base ai risultati dei test genetici viene decisa l'estensione dell´intervento chirurgico (per esempio ad una paziente con la mutazione del BRCA gene è consigliabile rimuovere l'intera mammella o anche entrambi i seni per l'elevato rischio di tumore secondario).

MiSeq

In addition we also take part in international quality controls and we support international research projects.

The cytogenetic and molecular genetic laboratories participate in the annual interlaboratory quality controls, both on the national and international level.